Det bakre flygdäcket rymmer ytterligare besättningsmedlemmar, kända som uppdragsspecialister, under uppskjutning och landning. När rymdfärjan är i omloppsbana fokuserar de bakre panelerna och kontrollerna på lasten i lastutrymmet. Detta område innehåller reglage för att öppna och stänga lastluckorna samt joysticks för att styra den mekaniska armen, Canadarm. Anpassade kontrollpaneler, utformade för specifika uppdrag, installeras i de bakre panelerna. Dessutom finns två uppsättningar fönster: ett på bakväggen för att övervaka pågående rymdpromenader och två överliggande fönster för att observera dockningsprocedurer.